電子カルテは、医療機器ではない？

まずそもそもの認識の違いがあるようで
会計事務所側の感覚としては、電子カルテも医療機器の１つなのですが
国側は、電子カルテは医療機器ではなく、単にソフトウェアという認識のようです。

電子カルテと中小企業投資促進税制の関係は？

電子カルテのソフトウェア部分は、中小企業投資促進税制が適用でき
30％特別償却又は税額控除７％を選択できます。
手間を要する事前の届出等も不要です。
確定申告書上の処理のみで節税が可能です。

なお、中小企業経営強化税制や固定資産税の特例は
電子カルテも活用できませんので、ご注意ください。